La Caisse d'Epargne est dirigée, de façon collégiale, par un directoire composé de deux à cinq membres. Nommé par le COS pour un mandat reconductible de cinq ans, les membres du directoire doivent au préalable avoir reçu l’agrément du conseil de surveillance de BPCE. Le directoire se réunit au moins deux fois par mois et dispose des pouvoirs les plus étendus pour agir en toute circonstance au nom de la Caisse d’Epargne dans la limite de l’objet social. Le COS confère à l’un des membres du directoire la qualité de président, lui permettant de représenter la Caisse d’Epargne vis-à-vis des tiers.